Злоумышленники могут удалять файлы, оставшиеся в системе в результате атаки. Вредоносное ПО, инструменты и другие файлы, которые не являются нативными и были помещены в систему или созданы в ней злоумышленниками (например, путем передачи инструментов из внешней сети), могут оставлять следы, указывающие на совершенные в сети действия и использованные методы. Злоумышленники могут удалять эти файлы непосредственно во время атаки или после ее завершения, чтобы скрыть свои следы.

Для удаления файлов могут использоваться доступные на хосте системные средства, а также другие инструменты. Примерами встроенных функций интерпретаторов командной строки и сценариев могут служить del в Windows и rm или unlink в Linux и macOS.