Обнаружение динамически генерируемых доменов может быть сложной задачей из-за большого количества различных алгоритмов DGA, постоянной эволюции семейств вредоносных программ, а также растущей сложности алгоритмов. Существует огромное количество методов обнаружения псевдослучайно сгенерированных доменных имен, в том числе частотный анализ, цепи Маркова и проверка энтропии, доли словарных слов и (или) соотношения числа гласных к числу других символов . Эти методы могут срабатывать на домены CDN из-за формата их доменных имен. Помимо обнаружения DGA-доменов по именам есть и другой, более общий подход к обнаружению подозрительных доменов заключается в проверке недавно зарегистрированных имен или редко посещаемых доменов. Для обнаружения DGA-доменов разработаны и успешно используются методы машинного обучения. Один из подходов — использование N-грамм для определения случайности в доменных именах. Если степень случайности высока, а домен не в белом списке (например, не принадлежит CDN или другим доверенным сетям), можно определить, связан ли он с легитимным узлом или является DGA-доменом . Другой подход заключается в использовании глубокого обучения для классификации доменов, сгенерированных с помощью DGA.

Системы обнаружения и предотвращения сетевых вторжений, использующие сетевые сигнатуры для выявления трафика, специфичного для вредоносных программ конкретной группы злоумышленников, могут быть использованы для защиты от связанной с этим трафиком активности на сетевом уровне. Исследователи могут провести обратную разработку вариантов вредоносного ПО, использующих DGA, и определить домены, с которыми вредоносное ПО будет пытаться связаться в дальнейшем, но это требует много времени и ресурсов. Вредоносное ПО также все чаще включает уникальные для каждого экземпляра начальные значения, необходимые для генерации новых доменов. Иногда начальное значение, которое использует конкретный образец, можно извлечь из DNS-трафика. Но даже в таких случаях ежедневно могут генерироваться тысячи возможных доменов, что делает упреждающую регистрацию всех возможных командных доменов нецелесообразной для защитников из-за стоимости.

В некоторых случаях сравнительно малозатратным средством для предотвращения работы командных серверов на основе DGA может стать локальная DNS-воронка.